Satul Sofia a fost fondat în anul 1823, de către boierul Dementie Hasnaş, fiind numit Anfisovca, în cinstea soţiei sale Anfisa, fiind atunci judeţul Soroca. În traducere din limba bulgară Anfisa se traduce ,,înfloritoare”.
După anul 1920, satul a fost trecut în judeţul Bălţi şi i s-a schimbat denumirea în Sofia, din limba greacă traducându- se ,,înţelepciune”.
Primii oameni care s-au stabilit cu traiul pe pământurile satului Sofia erau lucrători cu ziua pe pământul moşierului sau veniţi în căutare de pământuri libere. Mai apoi, ca urmare a migraţiei populaţiei, în anul 1853, s-au strămutat mai multe familii din diferite localităţi: Sângera, judeţul Hotin (azi Ucraina), Bădiceni, raionul Soroca, Mîndîc, raionul Drochia şi Strîmba (azi Corlăteni), raionul Râşcani.
În diferite perioade de timp satul Sofia s-a aflat în componenţa diferitor unităţi administrativ-teritoriale. Astfel, în anii 1940-1941, 1944-1962 s.Sofia s-a aflat în componenţa raionului Bălţi. Din a.1963 pînă în a.1966 – în componenţa raionului Rîşcani. Din a.1966 pînă în a.1999 – în componenţa raionului Drochia. Din a.1999 pînă în a.2003 – în componenţa judeţului Bălţi, plasa Rîşcani. Din anul 2003 şi pînă în pezent satul Sofia se află din nou în componenţa raionului Drochia.
Pe parcurs satul Sofia s- a extins, având în prezent un număr de 4137 de locuitori.